Sin embargo, el gobierno de Álvaro Arzú no dio pasos en la dirección de disolverlo. En el régimen de Alfonso Portillo, sucesor de Arzú, el EMP coexistió con el inicio de la SAAS, la cual funcionó únicamente para el vicepresidente de entonces, Juan Francisco Reyes. Al concluir el gobierno portillista, la SAAS estaba constituida en un cuerpo de seguridad capaz de cumplir la misión asignada, con apego a las normas fundamentales de control democrático respecto a los cuerpos de seguridad e inteligencia.
Todo lo avanzado se truncó durante el gobierno de Óscar Berger Perdomo. Al inicio de dicho gobierno, en los primeros meses de 2004, Otto Pérez Molina ocupó el cargo de comisionado presidencial de seguridad, un puesto formalmente inexistente pero armado ad hoc para pagar con un botín político el apoyo en la campaña electoral. Aunque Pérez Molina renunció oportunistamente so pretexto de rechazar la reunión de Berger con Efraín Ríos Montt, ocupó su tiempo en la Presidencia para desmantelar la estructura civil de la SAAS. De hecho, reincorporó a la seguridad presidencial a exmiembros del EMP.
Mientras funcionó, el EMP, además de proveer seguridad al gobernante, fungió como un poder extraordinario que controlaba estructuras de inteligencia para el gobernante, que también servían a quien dirigía dicho cuerpo. Fue un aparato de control y manipulación de la Presidencia, a la vez que brazo operativo de actividades encubiertas de inteligencia. Algo que fue ampliamente demostrado en los procesos por las ejecuciones de Myrna Mack Chang en 1990 y de Juan José Gerardi Conedera en 1998.
Mientras vivió, aun cuando convivía con la SAAS, el EMP llevó a cabo operaciones que representaron ataques o agresiones a personajes de la vida nacional. Tal es el caso del allanamiento ilegal, el secuestro, la tortura y las amenazas al presidente de El Periódico, José Rubén Zamora, en 2003, durante el gobierno de Portillo.
Según publicó dicho medio década y tercio después, hay evidencias de que la estructura fue reactivada. De acuerdo con la denuncia difundida, en enero del presente año, con un proceso que arrancó meses atrás, se integraría a la SAAS un supuesto equipo de enlace con la Policía Nacional Civil (PNC). Equipo que en realidad tendrá por misión vigilar a personajes seleccionados. El grupo estaría integrado por elementos de la PNC que estarían bajo las órdenes de dos oficiales del Ejército, quienes a su vez estaban relacionados con el asesor presidencial Armando Melgar Padilla.
Melgar Padilla es señalado de ser una especie de poder detrás del trono, un jefe del EMP sin EMP. Un asesor que ha convertido la SAAS en una versión disfrazada del tenebroso EMP, a cuya cabeza se encuentra su compañero de promoción castrense Jorge López Jiménez.
Un día antes de publicarse la información sobre el grupo clandestino en la SAAS, la casa del abogado y reconocido defensor de derechos humanos Ramón Cadena fue allanada ilegalmente. Cadena, representante nacional de la Comisión Internacional de Juristas (CIJ), sufrió el allanamiento de su vivienda por parte de unas personas que se hicieron pasar por elementos del Ministerio Público (MP) y alegaron tener orden de allanamiento. La acción se realizó el 15 de agosto, día inhábil, con características de ocupación similares a las usadas en 2003 contra Zamora. La diferencia es que, mientras en 2003 ocuparon la casa cuando la familia del periodista estaba allí, en el caso de Cadena, este y su familia providencialmente se encontraban afuera.
Estos hechos, más que coincidencias, son certezas de la refuncionalización de una estructura que, dadas las circunstancias, es totalmente ilegal. Por lo tanto, corresponde a las instancias de investigación penal llevar adelante no solo la pesquisa sobre el hecho como tal, sino particularmente sobre la base orgánica de la estructura. A la Comisión de Inteligencia del Congreso le corresponde de oficio citar al jefe de la SAAS e iniciar la investigación correspondiente, así como requerir al gobernante un informe circunstanciado al respecto de las funciones y responsabilidades de Melgar Padilla, quien no puede ejercer funciones sobre las que no rinde cuentas.
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